提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
习近平近70小时印尼行的三个“特别”******
(近观中国)习近平近70小时印尼行的三个“特别”
中新社印度尼西亚巴厘岛11月17日电 题:习近平近70小时印尼行的三个“特别”
中新社记者 郭金超 梁晓辉
第十次开启“G20时间”、密集会见多国领导人、中印尼两国元首年内再次线下互动……时隔9年再访巴厘岛,习近平这次印尼之行,是中国最高领导人在二十大之后首次出访的首站。
从抵达到离开,习近平近70小时的印尼巴厘岛之行有三个“特别”,诠释着向未来的中国与世界。
当地时间11月14日下午,国家主席习近平乘坐专机抵达印度尼西亚巴厘岛努拉莱伊国际机场,应邀出席二十国集团领导人第十七次峰会。这是习近平和夫人彭丽媛在机场受到印尼对华合作牵头人、海洋与投资统筹部部长卢胡特,巴厘省省长科斯特等高级官员热情迎接。 新华社记者 申宏 摄第十次参会,特别背景下的“G20时间”
这次二十国集团(G20)领导人印尼巴厘岛峰会被认为是“全球经济在衰退威胁下的一次紧急救援”。
二十国集团不仅属于二十个成员,也属于全世界,G20的使命与全球百姓的日子紧紧相连。在峰会开幕的当天,联合国恰巧宣布“80亿人口日”到来。“80亿人口时代如何过上好日子?”成为人类对未来的惕厉和警醒。
这是习近平连续第十年出席或主持G20峰会。习近平在峰会的第一阶段会议讲话中,“发展”一词出现40次,是最醒目的关键词。他强调,“我们要比以往任何时候都更加重视发展问题。”
习近平在峰会上也再次提到全球发展倡议,呼吁推动更加包容、更加普惠、更有韧性的全球发展。
外界称,这也正找到了实现峰会主题“共同复苏、强劲复苏”最关键的驱动力。
中方倡议受到各方的积极回应。16日发表的G20巴厘岛峰会宣言亦指出,各国将采取协调行动,推进强劲、包容、韧性的全球复苏以及创造就业和增长的可持续发展议程。
客场中的“主场外交”,特别忙碌的代表团驻地
习近平此行是本次巴厘岛峰会的焦点。有外媒称,各国领导人争相与这位世界第二大经济体领导人面对面交谈。
近乎接踵而至的国际政要,让中国代表团驻地变得特别忙碌。有评论称,中方俨然于客场中寻找到“主场位”。
14日,中美元首会晤在G20峰会前夕率先举行。这是拜登执政后两位领导人首次面对面会晤,持续3个多小时,议题“覆盖了两国关系最重要的方面和当前最紧迫的地区和全球性问题”。全球瞩目这次大国间的“握手”,认为会晤释放出中美管控分歧的强烈信号。
当地时间11月14日下午,国家主席习近平在印度尼西亚巴厘岛同美国总统拜登举行会晤。 新华社记者 燕雁 摄峰会开幕后,双边会见尤为频密。15日峰会第一天,习近平密集会见了8位前来出席峰会的外国领导人。
中共二十大后,中国将带给世界什么?机遇,成为习近平频繁提及的关键词。
与法国总统马克龙会见时,他说,“将为包括法国在内的世界各国提供新机遇”;在与联合国秘书长古特雷斯的会见中,他表示“以中国新发展为世界带来新机遇”。面对西班牙首相桑切斯,他说,中国推进中国式现代化,坚持高质量发展,将为包括西班牙在内的世界各国带来新的发展机遇……“中国新发展,世界新机遇”,中国如是告诉世界。
密集双边会见中,有的是首次会见,比如韩国总统尹锡悦、澳大利亚总理阿尔巴尼斯,有的则是年内第二次会见,例如阿根廷总统费尔南德斯。结“新朋”会“老友”,中国代表团驻地的高热度,折射世界对中国的态度。
驶入快车道,特别可感的中印尼互动
“开始!”
随着习近平和印尼总统佐科下达指令,崭新的综合检测车缓缓驶出车站并逐渐加速前行。
这一雅万高铁试验运行的场景,是中印尼元首会谈前的一项特殊安排。作为印尼第一条高速铁路,雅万高铁既是中印尼共建“一带一路”的标志性工程,也是中国高铁首次全系统、全要素、全产业链在海外落地。
有评论称,与雅万高铁一样,中印尼命运共同体也正乘上“高速列车”,驶向命运与共的未来。
资料图为印尼雅万高铁建设现场。 中新社发 王增堃 摄今年是中印尼关系高速发展的“大年”。7月,佐科访华,成为北京冬奥会后首位访华的外国元首。那次访问中,两国元首共同确立了共建中印尼命运共同体的大方向。
此次会谈,习近平与佐科进一步就共建中印尼命运共同体达成重要共识,一致同意以明年中印尼建立全面战略伙伴关系10周年为契机,打造高水平合作新格局。
“中国愿同印尼相携相助、结伴同行。”会谈中,习近平的这句话,进一步传递了两国构建命运共同体“共进退、同发展”的温度。
印尼民众则会对此更可感。雅万高铁建成后,从雅加达到万隆,3个多小时变40分钟,不仅让民众出行提速,也助当地发展提速。中印尼为发展中国家团结合作、互利共赢提供了样板。
17日,习近平的专机从巴厘岛起飞,目的地是泰国曼谷。在那里,他将出席亚太经合组织第二十九次领导人非正式会议并对泰国进行访问。中国与世界的密集互动,仍将持续。(完)